為什么需要基因大數(shù)據(jù)?
基因大數(shù)據(jù),簡單來說,就是大量的基因數(shù)據(jù)和相關(guān)的分析方法?;虼髷?shù)據(jù)的“大”可以理解為“寬度”和“深度”,即“橫”和“縱”。
所謂的“橫”,是指個體數(shù)量的多少。就如我們平時所提到的,在解析疾病相關(guān)的基因、揭示基因突變之間以及和環(huán)境變量相互作用關(guān)系的時候,需要許多個體的基因組數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)(健康狀態(tài)和疾病進展程度)以及描述其生活狀態(tài)的“元”數(shù)據(jù)(meta-data)。這些數(shù)據(jù)和分析它們的方法,就是基因大數(shù)據(jù)。而所謂“縱”,則是指單個個體的多種數(shù)據(jù)類型的組合。比如一個人的基因組、蛋白質(zhì)組、基因表達組、甲基化組等等。這些數(shù)據(jù)的整合分析,也是基因大數(shù)據(jù)。
當(dāng)然,更復(fù)雜一些,也可以把“縱”和“橫”結(jié)合起來,把個人多種數(shù)據(jù)與多人單種數(shù)據(jù)的整合分析相結(jié)合,從而挖掘出更多更有意義的內(nèi)容。
為什么需要基因大數(shù)據(jù)呢?這是因為,橫向的比對可以幫助我們解析出關(guān)于疾病的許多奧秘,不僅僅是哪些基因突變會造成什么疾病這么簡單。以因安吉麗娜朱莉而在媒體上有很多曝光的乳腺癌來說,研究人員發(fā)現(xiàn),基因突變一致的情況下,發(fā)病的年齡也很關(guān)鍵,對后來病情的走勢有很大的影響。那些40歲前發(fā)病的患者一般病情較重,容易進展為晚期癌癥,導(dǎo)致治療效果較差,存活率也較低。研究人員認為,這可能與更年期有關(guān),即:可以根據(jù)乳腺癌的發(fā)病年齡不同劃分為兩大類,然后對這兩類患者區(qū)別對待,分別采用不同的治療方案。
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而分析單個患者的數(shù)據(jù),則可以在分子水平上了解發(fā)生了什么。比如有什么基因突變,這個突變是影響基因的功能和基因的表達豐度,是影響一個基因還是多個基因,是調(diào)控水平的影響還是表觀遺傳學(xué)的影響等等。
將上面的縱橫數(shù)據(jù)結(jié)合起來,就可以根據(jù)年齡把患者的表達數(shù)據(jù)等分為若干組,以分析各組間基因的表達差異,鑒定出可能用于診斷或治療的目標(biāo)基因,以便對癥下藥。
除了上述原因, 癌癥的復(fù)雜性也需要基因大數(shù)據(jù)。對于癌癥,科學(xué)家們達成的一個共識就是:沒有兩個人的癌癥是一樣的。因此,(在條件允許的情況下)盡可能獲得并分析個人詳細的、各個組學(xué)水平上的基因數(shù)據(jù),才能對癥下藥。最理想的情況,當(dāng)然是所謂的“個性化醫(yī)療”了,即根據(jù)每人的情況定制一套治療方案;甚至隨著治療的進展和患者的反應(yīng)對治療方案隨時調(diào)整。而現(xiàn)有情況下,我們能大規(guī)模實踐的只能是“有限度的定制”,即所謂的“精準(zhǔn)醫(yī)療”:首先根據(jù)患者的分子數(shù)據(jù)將其分為亞型,然后根據(jù)制定好的、針對這種亞型的治療方案展開治療。
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癌癥復(fù)雜性的表現(xiàn)之一,就是所謂的“長尾現(xiàn)象”。我們知道,在一些研究比較透徹的癌癥當(dāng)中,科學(xué)家們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)一些稱之為“驅(qū)動基因”( driver gene)或者“驅(qū)動突變”( drivermutation)的東西 ,也就是說,有相當(dāng)一部分的癌癥患者帶有此突變,相應(yīng)的,帶有此突變的人也有很大部分是癌癥患者。這些基因或突變被認為是導(dǎo)致癌癥的原因,因此被稱為“驅(qū)動突變”。比如,安吉麗娜朱莉攜帶有基因BRCA1的突變,其患病的概率就高達87%。但是,幾乎每一個癌癥,都會有一些患者并不攜帶所謂的“驅(qū)動突變”或者“驅(qū)動基因”,但其表型和其它患者是一樣的,這就是癌癥的“長尾現(xiàn)象”。長尾現(xiàn)象意味著,這些患者并不能按照典型的病人進行治療,而必須根據(jù)其具體的突變情況采取靈活多變的措施。
因此,基因大數(shù)據(jù)是解析人類疾病的重要手段,也是實現(xiàn)“精準(zhǔn)醫(yī)療”和“個性化醫(yī)療”不可或缺的重要手段。
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